Terminal Kendaraan Umum antar kabupaten di Kota Kupang, yaitu berlokasi di Jl. Eltari II.

Melalui jalan darat pula dilayani bus antar kota dalam provinsi ke SoE, Kefa dan Atambua, serta antar negara, yakni ke Dili, Timor Leste. Bus ini disediakan oleh berbagai penyedia layanan jasa transportasi.

Sistem transportasi darat Kota Kupang dilayani oleh minibus angkutan kota yang biasa disebut bemo. Ada pula layanan taksi dan beberapa rute dilayani oleh bus kota. Sebagian besar rute dalam kota dilayani oleh bemo yang menghubungkan beberapa terminal seperti Terminal Kupang, Terminal Oepura dan Terminal Oebobo. Untuk keberangkatan jalan darat ke luar kota dilayani di Terminal Oebobo.

Khusus untuk angkutan bemo, memiliki ciri khas tersendiri. Rute setiap bemo ditandai oleh warna dan angka yang terdapat pada bagian atas depan bemo.

Aksesoris bemo yang sangat banyak ditambah dengan dentuman musik yang sangat keras. Selain itu terdapat juga jasa layanan transportasi roda dua yang lebih dikenal dengan ojek yang banyak dijumpai di setiap sudut Kota Kupang.
Sedangkan Untuk Layanan imigrasi Indonesia-Timor Leste dilaksanakan di Tasifeto Timur-Batugade.

Pelabuhan Laut Tenau Kupang dapat melayani kapal-kapal barang maupun penumpang. Dahulu melalui dermaga ini sering melayani kapal penumpang menuju Pante Makasar, Ruteng, Baa, Dili, Kalabahi dan lain-lain. Saat ini Pelabuhan Niaga dan Pelabuhan Komersil terletak di daerah Tenau wilayah Kota Kopang dan Pelabuhan Bolok di wilayah Kabupaten Kupang. Di wilayah Kota Kupang terdapat Pelabuhan Rakyat di Namosain dan Pelabuhan Laut Tenau Kupang. Pelabuhan Rakyat Kupang di Namosain merupakan pelabuhan laut alam yang sekarang telah ditata dengan lebih baik. Pelabuhan ini kapal-kapal kayu melayani transportasi laut menuju Rote, Semau dan beberapa daerah di sekitar Kota Kupang. Sebelumnya juga digunakan oleh para nelayan sebagai tempat berlabuh dan bongkar muat hasil tangkapan. Pelabuhan Kupang yang merupakan pelabuhan laut tua, saat ini menjadi tempat berlabuhnya kapal-kapal layar dari luar negeri dan menjadi salah satu tempat persinggahan dalam kegiatan Sail Indonesia dari Darwin, Australia menuju beberapa pulau di Indonesia

Transportasi udara di wilayah kota Kupang Propinsi NTT ini bernama Bandara Internasional El Tari Kupang. Pada mulanya bernama Pelabuhan Udara Penfui yang terletak di Kampung Tuameko, Kelurahan Penfui, Kupang. Bandar Udara El Tari berjarak kurang lebih 13 km dari Kota Kupang dan berada di ketinggian 102 meter di atas permukaan laut, yang merupakan salah satu pintu gerbang transportasi menuju Berbagai wilayah di Propinsi Nusa Tenggara Timur.

Awalnya bandar udara ini merupakan bekas peninggalan jaman penjajahan Belanda yang hanya berupa airstrip. Untuk pertama kalinya Bandar Udara ini didarati pesawat udara pada tahun 1928 oleh penerbang Amerika bernama Lamij Johnson.

Read more: Airport di Kupang